广州医科大学附属第三医院创办于1899年12月12日，前身为美国基督教长老会创办的广东女医学堂及所属赠医所，命名为柔济医院。1953年医院由广州市政府接管，定编为广州市第二人民医院。2006年转为广州医学院第三附属医院。2013年6月，随着广医更名为广州医科大学，医院正式更名为广州医科大学附属第三医院。

医院现设有48个临床科室和6个医技科室，开设专科门诊110多个，专家门诊150多个。中医科荣获“2012年全国综合医院中医药工作示范单位”、广州市卫生局中医名科；全科医学被评为广东省优势特色重点学科、广州市重点学科；临床医学（妇产科学方向）是广东省攀峰重点学科。