氯氮平与不同程度的肠蠕动功能损害相关。这种损害既可导致很常见的便秘，也可导致非常罕见的机械性肠梗阻、粪便嵌塞和麻痹性肠梗阻。在一些情况下，引起的上述不良反应是致命的。这些不良反应是由氯氮平的抗胆碱能特性造成的。
　　在英国，从1993年8月3日到2017年9月11日，共收到370份氯氮平与胃肠道梗阻相关的黄卡报告。在此期间，也有135份球状硬便的氯氮平报告和86份麻痹性肠梗阻的氯氮平报告。
　　氯氮平与胃肠道不良反应相关的风险早已被确认。相关警告已经添加到药品的产品特性概要、患者信息活页及英国国家处方集中。然而，在2017年8月，一位验尸官调查死亡病例的事件引起英国药品和健康产品管理局（MHRA）的关注，即医务人员可能缺少对于氯氮平导致的假性肠梗阻或麻痹性肠梗阻及它们发病急的风险认知。
　　对医务人员的建议
　　·氯氮平在麻痹性肠梗阻患者中禁用；
　　·在处方氯氮平时，应对有便秘症状及以下风险的患者特殊关注：正在接受可引起便秘的药物治疗的患者（特别是那些有抗胆碱特性的药物，例如抗精神病药、抗抑郁药和抗帕金森病药物）；具有结肠疾病病史或有下腹部手术史；年龄60岁及以上。
　　·建议患者如有便秘症状，应在服用下一剂量的氯氮平之前，立即告知主管医生。
　　·便秘症状尽早被识别和积极治疗是至关重要的。
　　·参阅完整的产品特性概要以获取氯氮平相关警告的完整列表和建议。