由于在幼年动物实验中发现氟喹诺酮类药物可引起关节和软骨损伤，其在儿童应用中受到限制。所以大多药品说明书规定，氟喹诺酮类抗菌药物不宜用于、避免用于或禁用于18岁以下的儿童、妊娠及哺乳期妇女。但也有相关资料认为儿童也不应完全禁用氟喹诺酮类药物。

目前临床对于氟喹诺酮类药物在儿童中的口服或者静脉使用都比较谨慎，只对危及生命的急症感染推荐作为一线治疗，如鼠疫、吸入性炭疽（暴露后），但其中左氧氟沙星只可用于≥6个月的儿童。对于已知有其他安全有效药物治疗的感染，仅在其他药物治疗无效（多药耐药）、或者对其他药物严重过敏时才使用。

同时现在并未有证据显示氟喹诺酮类药物的局部使用(滴眼/滴耳)用于儿童结膜炎、角膜溃疡以及中/外耳炎时会对关节有任何不良的影响。